VRoid Studioでは、テクスチャ編集画面でレイヤー不透明度を変更することができますが、3Dビューでは半透明の表示には対応していません。
3Dビューでの表示は、テクスチャ編集画面で設定した各レイヤーの不透明度に基づいて計算された最終的なピクセルごとの不透明度によって決まります。
計算の結果、ピクセルの不透明度が50%以上の部分は完全に不透明として表示され、49%以下の部分は完全に透明として扱われて表示されません。
この仕様のため、テクスチャ編集中のパーツを半透明にして、そのパーツの下が透けて見えるように表現することはできません。
以下は髪のテクスチャのレイヤー不透明度を0〜100で調整している例です。
各レイヤーの不透明度の調整機能は、テクスチャを描画する際の補助的な機能として利用できますが、3Dビューでの最終的な表示は先述のピクセルごとの不透明度の数値（50%）に基づいたものとなります。
以下は複数のレイヤーのレイヤー不透明度を調整している例です。
茶色のテクスチャが描かれた不透明度100%のレイヤーをAレイヤー、赤色の丸が描かれたレイヤーをBレイヤー、青色の丸が描かれたレイヤーをCレイヤーとします。
BレイヤーとCレイヤーはそれぞれ不透明度が30%ですが、重なっている部分は計算の結果50%以上となるため、3Dビュー上では完全に不透明として表示されています。
重なっていない部分の不透明度は49%以下となるため、完全に透明として扱われ表示されていません。
Aレイヤーを非表示から表示の設定に変更すると、3Dビュー上で完全に透明として扱われ表示されていなかったBレイヤーとCレイヤーの部分の不透明度も、計算の結果50%以上となるため、完全に不透明として表示されるようになります。
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